直接辦理
1、現金。申請人可直接到商標局商標注冊大廳(中關村國家自主創新示范園區內申請人可到商標局駐中關村辦事處)繳納現金辦理商標業務。
2、支票。北京市、天津市的申請人可提交與商標業務申請人一致的銀行轉賬支票辦理商標業務。
3、銀行匯票。非北京市的申請人可提交與商標業務申請人一致的銀行匯票辦理商標業務。
收款人全稱：中華人民共和國國家工商行政管理總局商標局
賬號：，開戶銀行：xx銀行xxx支行
注：銀行匯票在申請人提交后需等待銀行將款項解付后方可辦理商標業務，大約兩到三個工作日。
4、銀行信匯、電匯。通過郵寄方式辦理商標異議、評審業務的申請人可通過銀行信匯、電匯方式付款，匯款后請將匯款復印件連同申請書一并寄至商標局或商標評審委員會。
收款人：中華人民共和國國家工商行政管理總局商標局
賬號：
開戶銀行：xx銀行xxx支行
注：辦理商標異議、評審、業務匯款人必須和申請人一致，不要以法人，負責人、經辦人等名義匯款。
委托商標代理機構代理
申請人委托商標代理機構辦理商標業務，商標規費全部從商標代理機構在商標局的預付款中扣除，申請人無須直接向商標局匯款繳納費用。
1、商標規費的收繳
商標規費屬于列入國家財政預算的財政收入，商標局在收取規費后全額上繳中央財政。
商標代理機構辦理各類業務應依法繳納商標規費，代理機構在商標局備案(中國商標網站顯示)后方可通過銀行匯款(電匯、信匯)方式向商標局預付商標規費，代理機構必須以在商標局備案的本機構法定名義匯出款項，不能以法人，負責人、經辦人等名義匯款。款項匯出后三至四個工作日可以記入商標局財務系統。商標網上申請開通后，代理機構付款方式不變。商標局目前尚不接受除銀行匯款外的其他匯款方式。
商標代理機構匯款金額無最低限制，應根據業務量及時足額匯款，款項不足支付時，申請業務不予受理。
2、財務統一收據和扣款明細清單
商標申請件經財務部門對款后由通達商標服務中心發文科發放《受理通知書》。
商標局每月末結賬一次，結賬后統一打印《中央單位行政事業性收費統一收據》(以下簡稱統一收據)，經整理、審核、校對后以掛號信方式郵寄，次月中旬左右代理機構可以收到。統一收據的開具對象為商標代理機構而不是商標申請人。
商標局每月末結賬后通過電子郵件方式向商標代理機構發送當月扣款明細清單，清單金額和統一收據金額一致。商標網上申請開通后，統一收據和財務扣款明細清單形式不變，統一收據單獨列示單價為800元的商標注冊申請(網上)和單價為80元的加項費用。
商標代理機構收到統一收據和電子扣款明細清單后，應當及時核對，發現問題或者存在疑問及時與商標局財務部門聯系。商標代理機構未收到電子郵件的，請與通達商標服務中心運行保障科(或)聯系重發。目前尚未提供電子郵箱地址的，請提供加蓋單位公章的電子郵箱地址文檔，交至或郵寄至商標局綜合處財務部門。商標代理機構電子郵箱發生變更的，須提交加蓋單位公章的變更后文檔交至或郵寄至商標局財務部門，并于當月或下一個財務月將清單發至變更后的電子郵箱地址。
關于商標注冊費用免營業稅和所得稅方面的政策問題，請參閱財政部、國家稅務總局《財稅字【1997】75號》、《財稅字【1997】117號》、《國稅函【2007】908號》文件。
3、可以退費的業務類型
商標代理機構須持轉讓、變更、續展業務《不予核準通知書》原件退款，《不予受理通知書》和《視為放棄通知書》不能退款。
補發商標注冊證，提供注冊證明，補發商標轉讓、變更、續展證明，更正申請不屬于更正范圍的，發《不予受理通知書》，商標代理機構須持通知書原件經檔案處處長簽字確認后方可退款。
4、無款退文的財務處理
商標局財務部門每日對款后，對于無款申請件進行不予受理操作，發無款不受理通知書。商標申請件經無款不受理操作后紙質文檔不退回，數據不恢復，申請日期和申請號不保留，只能重新遞交申請。
商標網上申請系統顯示的財務數據余額和商標局財務系統數據有大約一天左右的時間差，在網上申請系統成功提交電子申請件后，如果該電子申請件到達財務對款環節對款時，商標預付款已被紙質申請件使用完畢的，網上申請電子申請件也將無款不予受理。商標代理機構要根據業務量提前足額匯款，避免申請件因無款不予受理退回。
5、預付款余額查詢及財務對賬
商標財務對款環節是商標審查系統的中間環節，無法實時統計從錄入環節后臺轉移至對款環節的申請數量和金額，目前只能反映商標代理機構的已結算業務，財務系統中顯示的預付款余額不能真正反映可使用金額。代理機構必須自我進行完整、準確的財務核算，做好申報業務的登記工作，做好崗位調整的交接工作，及時自行掌握預付款余額，商標局不提供代理機構預付款余額查詢。
商標代理機構可以和商標局財務部門進行年度對賬，核對預付款匯款及使用情況。對賬請事先準備好匯款復印件、統一收據、賬簿或明細清單等財務資料，通過電話或來人到商標局綜合處財務部門進行核對。
6、辦理財務清戶手續
商標代理機構由于注銷或歇業等原因，在辦理相關工商手續后可以申請清理預付款賬戶。辦理清戶手續時商標代理機構應當向商標局質量監督管理處報送相關材料，審驗合格后，啟動清戶程序。
商標代理機構應當提供真實、準確、完整的財務信息，經商標局財務部門核實后并根據相關部門反饋信息退回款項，清理賬戶。
7、商標代理機構名稱、地址變更備案登記
商標局財務部門郵寄的統一收據以商標代理機構在我局登記備案法定的名稱和地址為準，代理機構名稱或地址發生變更的應及時向商標局質量監督管理處辦理變更備案登記，登記完成后，商標局財務部門將統一收據按照變更后的名稱或地址郵寄，對于提供不真實、不準確的注冊名稱、地址以及不及時做相應變更備案登記導致無法及時收到統一收據的損失由代理機構自行承擔完全責任。